Neben rein wissenschaftlichen Forschungsaktivitäten bietet das Hochschulinstitut Schaffhausen (HSSH) auch Forschung im Auftrag Dritter an. Das Ziel eines solchen Forschungsauftrages wird für gewöhnlich vom privatwirtschaftlichen oder öffentlich-rechtlichen Auftraggeber bzw. Auftraggebern vorgegeben und dessen Durchführung in enger Kooperation laufend abgestimmt.

Eine Auftragsforschung liegt vor, wenn Leistung und Gegenleistung zwischen HSSH und Auftraggeber vertraglich vereinbart wird. Leistungen sind z. B. Studien, Gutachten, Befundberichte, Untersuchungsergebnisse, Problemlösungskonzepte oder prototypische Umsetzungen. Die Leistungen werden auf wissenschaftlicher Basis erbracht. Gegenleistung ist in der Regel eine monetäre Zuwendung des Auftraggebers an den Auftragnehmer. Die Auftragsforschung unterliegt dabei in der Regel der Mehrwertsteuerpflicht. Im Gegensatz zu anderen Forschungskooperationen sind die Forschungsresultate sowie auch die Publikations-, Schutz-, Urheber-, Nutzungs- und Verwertungsrechte in vielen Fällen komplett oder zumindest zum Teil dem Auftraggeber vorbehalten.