Die Organisation des Hochschulinstituts Schaffhausen ist in der Satzung verankert, in der alle Gremien, Rollen und deren jeweilige Verantwortlichkeiten geregelt sind.

Die folgende Darstellung gibt einen Überblick über die Aufbauorganisation des HSSH:

Die operative Leitung des Instituts erfolgt durch das Rektorat, in dem neben der Rektorin bzw. dem Rektor, die Vizerektorin bzw. der Vizerektor und die Verwaltungsleiterin bzw. der Verwaltungsleiter vertreten sind.

Der Senat ist höchstes akademisches Gremium. Im Senat sind alle Statusgruppen vertreten, um auf dieser Ebene Entscheidungen von grundsätzlicher Bedeutung vorzubereiten und zu beschliessen. Als gewähltes Organ vertritt es, demokratisch legitimiert, die Interessen aller Hochschulangehörigen.

Die Aufgabe des wissenschaftlichen Beirats besteht darin, das Hochschulinstitut Schaffhausen unabhängig von der Trägergesellschaft in wissenschaftlichen Fragen zu beraten, seine Zusammenarbeit mit der Wirtschaft und Gesellschaft sowie mit anderen akademischen Institutionen aktiv zu fördern und die Repräsentation des Hochschulinstituts nach aussen zu unterstützen.

Die Stabstelle Qualitätssicherung ist der Ansprechpartner bzw. die Ansprechpartnerin für alle Anspruchsgruppen bei Anfragen rund um die Qualitätssicherungsstrategie und deren Umsetzung.